青島日報社/觀海新聞10月30日訊 日前,中國海洋大學海洋生物遺傳學與育種教育部重點實驗室包振民院士團隊取得重要成果,在國際數(shù)據(jù)庫領域頂級期刊《核酸研究》在線發(fā)表了國際首個軟體動物綜合基因組數(shù)據(jù)庫。
隨著基因組學數(shù)據(jù)以史無前例的規(guī)模增長,深度挖掘復雜高維度的海量組學資源已成為當前生命科學領域面臨的巨大挑戰(zhàn)。構建系統(tǒng)便捷、功能全面的基因組學數(shù)據(jù)庫在解決這一難題上發(fā)揮著重要作用。當前,國際上廣泛使用的大型公共基因組數(shù)據(jù)庫仍主要聚焦并服務于人類醫(yī)學及小鼠、斑馬魚、果蠅等模式生物研究。對非模式生物類群(如大部分海洋生物)而言,至今缺乏適當?shù)恼掀脚_及深度分析工具,以滿足日益增長的對復雜海量組學數(shù)據(jù)的分析需求。
軟體動物起源于5億年前早寒武紀,是進化上最成功的無脊椎動物群體之一。軟體動物現(xiàn)存種類高達10萬種以上,是動物界中僅次于節(jié)肢動物的第二大門類,對軟體動物類群的起源演化研究是學術界長期以來關注的熱點。此外許多軟體動物也是重要水產(chǎn)經(jīng)濟物種,占世界水產(chǎn)總產(chǎn)量高達22%。近些年軟體動物基因組學發(fā)展迅速,取得的重要科學發(fā)現(xiàn)層出不窮,極大地提升了目前對動物起源和適應性演化的認知深度。當前,軟體動物組學資源通常以原始數(shù)據(jù)狀態(tài)存儲在NCBI等資源存儲型為主的公共數(shù)據(jù)庫中,缺乏可實現(xiàn)數(shù)據(jù)資源整合和深度分析的綜合平臺,更缺乏針對軟體動物生物學特性所設計的定制分析工具。本研究團隊通過廣泛收集軟體動物基因組學資源,系統(tǒng)梳理整合多組學數(shù)據(jù)及開發(fā)豐富的分析工具,構建了迄今物種覆蓋度最廣、組學資源最豐富、功能最全面的軟體動物基因組學分析平臺MolluscDB。(青島日報/觀海新聞記者 郭菁荔)
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