10月23日，清華大學、北京市疾病預防控制中心、中國醫學科學院病原生物學研究所、北京大學、中國科學院北京基因組研究所聯合在《國家科學評論》發文，通過分析相關病例、環境與食品等樣品的核酸測序和病毒基因組序列，結合全面的流行病學調查和大數據分析，研究人員揭示，該疫情中病毒源頭極有可能是境外疫情高發區的冷鏈進口食品，并提出，冷鏈運輸或為新冠病毒傳播新途徑。

論文電子版截圖

2020年6月11日，1例新冠病毒感染患者突現，打破了北京連續56天無新增病例的平靜。該患者馬上就被收治，病情也很快得到控制，但是他從何處感染了病毒，卻成了一個謎。

結合指示病例的流行病學調查和大數據分析，通過對其所到地區和接觸人員的排查，本市繼而發現，2份來自北京新發地市場的環境樣本呈現新冠病毒核酸陽性。隨后，新發地市場538名員工接受病毒核酸篩查，又有45人呈陽性。新發地市場隨即成為關注的焦點，北京市有關部門果斷對該市場采取關閉措施，以有力遏止疫情的蔓延。

6月中旬，北京進一步推進核酸篩查，共發現368人新冠病毒核酸陽性。這些感染者均與新發地市場有直接或者間接關聯：其中169人是新發地市場的工作人員，103人于5月30日至6月12日期間去過新發地市場，其余96人均為上述人員的接觸者。未發現獨立于該市場的早期傳播鏈或獨立傳播鏈，提示新發地市場是此次疫情暴發的單一源頭。

新發地綜合交易大廳負一層（牛羊肉廳）感染工作人員分布。

結合新發地市場流行病學調查，研究人員初步確定綜合交易大廳地下一層（牛羊肉大廳）水產區S14號攤位可能是感染的源頭：S14號攤位的7位工作人員均為新冠確診病例，且癥狀出現時間相對較早。根據流行病學模型推斷的疫情開始時間范圍內，共有5位顧客新冠抗體檢測陽性，且這5位顧客都到訪過S14號攤位。這5位顧客及其密切接觸者在過去14天內都未到訪過中高風險區域或接觸來自中高風險區域的人員，進一步提示疫情是由新發地市場向外傳播。

新發地市場聚集性疫情中的病例和環境樣本中獲得病毒基因組序列分析表明其病毒序列具有明顯的突變特征，和我國之前所發現的本土及輸入病例均不相同，揭示該次疫情應為單一性的境外輸入。

研究團隊進一步利用自主開發的低病毒載量樣品處理方法，對110個病例和環境樣本進行了高通量核酸測序，共獲得了72條高質量的新冠病毒基因組序列。分析發現，這些序列均具有8個特征性突變位點，這些位點在我國此前的本土和輸入病例中從未發現過。與新冠病毒基因序列數據庫比對，發現除C6026T突變位點之外，具有其它7個突變位點的病毒主要存在于歐洲。這些結果進一步提示本次疫情的病毒應為單一性的新發境外輸入。

新發地疫情中的病例和環境樣本中獲得病毒基因組序列分析表明其病毒序列具有明顯的突變特征，和我國之前所發現的本土及輸入病例均不相同，揭示該次疫情應為單一性的境外輸入。

綜合上述結果，同時確認S14號攤位的工作人員未接觸過疑似或確診新冠病毒感染者，且5月至6月初期北京也無報告新增感染病例，提示病毒極可能來源于境外輸入。進一步調查顯示，S14號攤位售賣的物品中冰鮮三文魚是唯一來自境外的商品，且攤主曾于5月30日從某供應商處采買過從存在新冠病毒疫情國家進口、包裝完整的三文魚，在市場內切割處理后零售。為此，研究人員對新發地市場內所有三文魚供應商的冷庫進行了采樣檢測，發現某供應商有5份魚體拭子樣本呈新冠病毒核酸陽性，其中1份未開封魚體拭子樣本中測序獲得的病毒基因組序列與本次疫情中人和環境樣本中的病毒高度同源。

因未能從魚體上分離獲得活病毒，因此尚無法證明魚體上的病毒活力。但是將高質量病毒基因組序列特征分析與流行病學調查結合，提示來自境外疫情高發區的冷鏈進口食品極有可能為本次新發地市場聚集性疫情病毒源頭。在文章發表過程中，中國疾控中心報告從青島獲取的冷鏈食品中分離出新冠病毒，進一步提示冷鏈食品可能是新冠病毒傳播的重要途徑。研究對于揭示北京新發地市場聚集性疫情的病毒來源提供了重要證據，為優化疫情常態化防控策略提供了重要依據。

研究中，多家機構開展精誠合作。其中，北京市疾病預防控制中心新冠病毒肺炎防控和檢測組參與完成現場調查、樣本采集和核酸篩查。中國醫學科學院病原生物學研究所王健偉、任麗麗研究團隊在P3實驗室完成了樣品的核酸測序前處理流程。清華大學王建斌課題組與北京大學黃巖誼課題組發展的快速基因組測序樣品處理方法為本次疫情關鍵樣品的準確快速病毒測序提供了技術基礎和實驗支持。中國科學院北京基因組研究所李明錕課題組完成了對關鍵樣品序列的分析。

北京市疾病預防控制中心主任醫師龐星火、主管醫師吳雙勝，中國醫學科學院病原生物學研究所研究員任麗麗和中國科學院北京基因組研究所研究生馬文泰為論文共同第一作者。（圖片來自清華大學結構生物學高精尖創新中心公眾號）

責任編輯：李婧菲