10月23日，清華大學(xué)、北京市疾病預(yù)防控制中心、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病原生物學(xué)研究所、北京大學(xué)、中國科學(xué)院北京基因組研究所聯(lián)合在《國家科學(xué)評(píng)論》發(fā)文，通過分析相關(guān)病例、環(huán)境與食品等樣品的核酸測(cè)序和病毒基因組序列，結(jié)合全面的流行病學(xué)調(diào)查和大數(shù)據(jù)分析，研究人員揭示，該疫情中病毒源頭極有可能是境外疫情高發(fā)區(qū)的冷鏈進(jìn)口食品，并提出，冷鏈運(yùn)輸或?yàn)樾鹿诓《緜鞑バ峦緩健?br>

論文電子版截圖

2020年6月11日，1例新冠病毒感染患者突現(xiàn)，打破了北京連續(xù)56天無新增病例的平靜。該患者馬上就被收治，病情也很快得到控制，但是他從何處感染了病毒，卻成了一個(gè)謎。

結(jié)合指示病例的流行病學(xué)調(diào)查和大數(shù)據(jù)分析，通過對(duì)其所到地區(qū)和接觸人員的排查，本市繼而發(fā)現(xiàn)，2份來自北京新發(fā)地市場(chǎng)的環(huán)境樣本呈現(xiàn)新冠病毒核酸陽性。隨后，新發(fā)地市場(chǎng)538名員工接受病毒核酸篩查，又有45人呈陽性。新發(fā)地市場(chǎng)隨即成為關(guān)注的焦點(diǎn)，北京市有關(guān)部門果斷對(duì)該市場(chǎng)采取關(guān)閉措施，以有力遏止疫情的蔓延。

6月中旬，北京進(jìn)一步推進(jìn)核酸篩查，共發(fā)現(xiàn)368人新冠病毒核酸陽性。這些感染者均與新發(fā)地市場(chǎng)有直接或者間接關(guān)聯(lián)：其中169人是新發(fā)地市場(chǎng)的工作人員，103人于5月30日至6月12日期間去過新發(fā)地市場(chǎng)，其余96人均為上述人員的接觸者。未發(fā)現(xiàn)獨(dú)立于該市場(chǎng)的早期傳播鏈或獨(dú)立傳播鏈，提示新發(fā)地市場(chǎng)是此次疫情暴發(fā)的單一源頭。

新發(fā)地綜合交易大廳負(fù)一層（牛羊肉廳）感染工作人員分布。

結(jié)合新發(fā)地市場(chǎng)流行病學(xué)調(diào)查，研究人員初步確定綜合交易大廳地下一層（牛羊肉大廳）水產(chǎn)區(qū)S14號(hào)攤位可能是感染的源頭：S14號(hào)攤位的7位工作人員均為新冠確診病例，且癥狀出現(xiàn)時(shí)間相對(duì)較早。根據(jù)流行病學(xué)模型推斷的疫情開始時(shí)間范圍內(nèi)，共有5位顧客新冠抗體檢測(cè)陽性，且這5位顧客都到訪過S14號(hào)攤位。這5位顧客及其密切接觸者在過去14天內(nèi)都未到訪過中高風(fēng)險(xiǎn)區(qū)域或接觸來自中高風(fēng)險(xiǎn)區(qū)域的人員，進(jìn)一步提示疫情是由新發(fā)地市場(chǎng)向外傳播。

新發(fā)地市場(chǎng)聚集性疫情中的病例和環(huán)境樣本中獲得病毒基因組序列分析表明其病毒序列具有明顯的突變特征，和我國之前所發(fā)現(xiàn)的本土及輸入病例均不相同，揭示該次疫情應(yīng)為單一性的境外輸入。

研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步利用自主開發(fā)的低病毒載量樣品處理方法，對(duì)110個(gè)病例和環(huán)境樣本進(jìn)行了高通量核酸測(cè)序，共獲得了72條高質(zhì)量的新冠病毒基因組序列。分析發(fā)現(xiàn)，這些序列均具有8個(gè)特征性突變位點(diǎn)，這些位點(diǎn)在我國此前的本土和輸入病例中從未發(fā)現(xiàn)過。與新冠病毒基因序列數(shù)據(jù)庫比對(duì)，發(fā)現(xiàn)除C6026T突變位點(diǎn)之外，具有其它7個(gè)突變位點(diǎn)的病毒主要存在于歐洲。這些結(jié)果進(jìn)一步提示本次疫情的病毒應(yīng)為單一性的新發(fā)境外輸入。

新發(fā)地疫情中的病例和環(huán)境樣本中獲得病毒基因組序列分析表明其病毒序列具有明顯的突變特征，和我國之前所發(fā)現(xiàn)的本土及輸入病例均不相同，揭示該次疫情應(yīng)為單一性的境外輸入。

綜合上述結(jié)果，同時(shí)確認(rèn)S14號(hào)攤位的工作人員未接觸過疑似或確診新冠病毒感染者，且5月至6月初期北京也無報(bào)告新增感染病例，提示病毒極可能來源于境外輸入。進(jìn)一步調(diào)查顯示，S14號(hào)攤位售賣的物品中冰鮮三文魚是唯一來自境外的商品，且攤主曾于5月30日從某供應(yīng)商處采買過從存在新冠病毒疫情國家進(jìn)口、包裝完整的三文魚，在市場(chǎng)內(nèi)切割處理后零售。為此，研究人員對(duì)新發(fā)地市場(chǎng)內(nèi)所有三文魚供應(yīng)商的冷庫進(jìn)行了采樣檢測(cè)，發(fā)現(xiàn)某供應(yīng)商有5份魚體拭子樣本呈新冠病毒核酸陽性，其中1份未開封魚體拭子樣本中測(cè)序獲得的病毒基因組序列與本次疫情中人和環(huán)境樣本中的病毒高度同源。

因未能從魚體上分離獲得活病毒，因此尚無法證明魚體上的病毒活力。但是將高質(zhì)量病毒基因組序列特征分析與流行病學(xué)調(diào)查結(jié)合，提示來自境外疫情高發(fā)區(qū)的冷鏈進(jìn)口食品極有可能為本次新發(fā)地市場(chǎng)聚集性疫情病毒源頭。在文章發(fā)表過程中，中國疾控中心報(bào)告從青島獲取的冷鏈?zhǔn)称分蟹蛛x出新冠病毒，進(jìn)一步提示冷鏈?zhǔn)称房赡苁切鹿诓《緜鞑サ闹匾緩健Ｑ芯繉?duì)于揭示北京新發(fā)地市場(chǎng)聚集性疫情的病毒來源提供了重要證據(jù)，為優(yōu)化疫情常態(tài)化防控策略提供了重要依據(jù)。

研究中，多家機(jī)構(gòu)開展精誠合作。其中，北京市疾病預(yù)防控制中心新冠病毒肺炎防控和檢測(cè)組參與完成現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查、樣本采集和核酸篩查。中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病原生物學(xué)研究所王健偉、任麗麗研究團(tuán)隊(duì)在P3實(shí)驗(yàn)室完成了樣品的核酸測(cè)序前處理流程。清華大學(xué)王建斌課題組與北京大學(xué)黃巖誼課題組發(fā)展的快速基因組測(cè)序樣品處理方法為本次疫情關(guān)鍵樣品的準(zhǔn)確快速病毒測(cè)序提供了技術(shù)基礎(chǔ)和實(shí)驗(yàn)支持。中國科學(xué)院北京基因組研究所李明錕課題組完成了對(duì)關(guān)鍵樣品序列的分析。

北京市疾病預(yù)防控制中心主任醫(yī)師龐星火、主管醫(yī)師吳雙勝，中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病原生物學(xué)研究所研究員任麗麗和中國科學(xué)院北京基因組研究所研究生馬文泰為論文共同第一作者。（圖片來自清華大學(xué)結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心公眾號(hào)）

責(zé)任編輯：李婧菲